As terras onde hoje se encontra Aracaju originaram-se de sesmarias doadas a Pero Gonçalves por volta do ano de 1602. Eram compostas de 160 quilômetros de costa, mas em todas as margens não existia nenhuma vila, apenas povoados de pescadores.
No ano de 1699 tem-se notícia de um povoado surgido às margens do rio Sergipe, próximo à região onde este deságua no mar, com o nome de Santo Antônio de Aracaju. Seu capitão era o indígena João Mulato. Em meados do século seguinte, em 1757, Santo Antônio de Aracaju vivia sem maiores crescimentos e já era incluída como sítio da freguesia de Nossa Senhora do Perpétuo Socorro do Tomar do Cotinguiba.
Na então capital de Sergipe, São Cristóvão, estava-se tendo dificuldades com relação aos portos. Como a capital ficava no interior do estado, a navegação até os portos era somente fluvial, o que era um inconveniente, uma vez que os maiores navios não tinham passagem por conta da tonelagem, fazendo os portos sergipanos servirem apenas para pequenas embarcações.
No dia 17 de março de 1855, Inácio Joaquim Barbosa apresentou o projeto de elevação do povoado de Santo Antônio de Aracaju à categoria de cidade e a transferência da capital da província para esta nova cidade, que foi chamada simplesmente de Aracaju. Foi um dos momentos mais importantes e de maior repercussão da história de Sergipe. A nova localização da capital iria beneficiar o escoamento da produção principalmente açucareira da época, além de representar um local mais adequado para a sede do governo para o desenvolvimento futuro. A cidade de São Cristóvão não se revoltou de forma violenta contra a decisão, tendo apenas feito manifestações de protesto.
Como Aracaju surgiu com o objetivo de sediar a capital da província de Sergipe del-Rei, segundo alguns historiadores, Aracaju foi idealizada com "planejamento urbano" desde o início, pois as primeiras ruas estão organizadas de forma a lembrar um tabuleiro de xadrez.
O transporte público na cidade é feito, em grande parte, por ônibus, que compõem o Sistema Integrado de Transporte. Hoje, é possível conhecer toda a cidade e algumas das cidades que compõem a Grande Aracaju (Barra dos Coqueiros, São Cristóvão e Nossa senhora do Socorro) pagando-se apenas uma passagem. As conexões são feitas nos Terminais de Integração.
A bicicleta tem uma
crescente importância. Antes apenas com duas ciclovias - a da
avenida Rio de Janeiro ou Augusto Franco e da avenida Beira Mar (Zona
Sul) - a cidade vem recebendo investimentos federais provenientes do
Ministério das Cidades para a construção de mais.
Alguns anos atrás foi construída ao longo da avenida
São Paulo, dando continuidade à da avenida Rio de
Janeiro, e atualmente sendo expandida para outros locais, como o
Conjunto Orlando Dantas e a avenida Beira-mar, às margens do rio
Sergipe. Atualmente a cidade tem mais de 50 km de ciclovias..